A játék alapmechanikája ugyanaz, mint az eredeti Cortexé: az asztal közepére egy nagy kupacban lerakjuk a feladványkártyákat, az egyik játékos ezek közül felcsap egyet, és aki a leggyorsabban rájön a megoldására, az rácsap a kártyára és bemondja a megoldást. Ha sikerült eltalálnia, a kártyát maga elé teszi, ha nem, akkor eldobja, és a következő körből kimarad. Ha sikerül megszereznie két egyforma feladványkártyát, azokat eldobja, és helyettük elvesz egy agyszeletkét. Aki először összeszed ezekből négyet, az győz.

A feladványok nagyobb részt fedik az eredeti Cortex feladványait, csak egyszerűsítve vannak. Így például a memória feladványnál csak 4 képet kell megjegyezni, a párkeresősnél és a gyakorisági kihívásnál (miből van a legtöbb a képen) sokkal kevesebb kép van a kártyán, mint a felnőtt verzióban, és azok nagyobbak is. Emellett általában igaz a Cortex KIDS-re, hogy az ábrák sokkal színesebbek, vizuálisan ingergazdagabbak, így sokkal könnyebben elkülönülnek egymástól, így könnyebb „szétválogatni”/felfedezni őket. Helyenként kicsit maga a feladvány is át van szabva gyerekekre: a labirintus például úgy egyszerűsödött, hogy nem egy labirintusból kell ki- vagy oda betalálni, hanem négy figura közt ide-oda tekergő vonalak között kell megtalálni azt az egyet, ami a megfelelő figurát köti össze egy másikkal – például a cicát a három egér valamelyikével.